נחל אלישע התחיל בתור היאחזות, אבל עקב מצב הביטחוני והחלטת הממשלה לא להקים ישובים חדשים, נעשה בסיס צבאי. אחרי ההתפרעויות בראש השנה תשס"א ואחרי שריפת בית הכנסת שלום על ישראל, מח"ט הבקעה אישר לנו להיכנס לנחל אלישע, כדי לאפשר המשך לנוכחות יהודים סביב ליריחו. קיבלנו מבנה לשבעה חודשים. שם היו תפילות ולימודים כל יום מקבוצות שונות, ימי עיון עם רבנים חשובים, ואירועים מיוחדים.
לצערינו, המח"ט החלף ולא קיבלנו אישור להשאר שם, ובחג השבועות נאלצנו לצאת משם.
בכל זאת, מנהלת העמותה נשארה מחוץ לבסיס, לפעמים לבד ולפעמים עם בניה ולפעמים עם עוד אנשים, לפעמים בלילה ולפעמים ביום, עד שהמח"ט החדש אישר להקים מדרשה בעין חוגלה.